Вопрос о системах тут уже поднимался, но он касался магазинов вообще. В практике своей я сталкивался с Amiro и Joomla+VM. И эта практика показала, что данные системы рассчитаны на довольно большое количество товаров.
В то же время иногда есть необходимость продавать небольшие партии товара, а народ потом жалуется, что ему не хватило. Посмотрел я на большие аукционные площадки, и подумал, что можно и себе такую «распродажу» устроить. Правда, нашел скрипт аукциона только под Джумлу. А вообще есть еще что-то... Например, под Drupal или DLE?